我在一个企业上班，上班时给我发了两套工服。我穿了一套，干了半年离职

您在企业上班时发放的两套工服，离职时工厂要扣除两套工服费用的做法是否合法，需结合具体情况判断。
工厂扣两套工服的钱是否合法要分情况来看。
1. 如果劳动合同或公司合法有效的规章制度中明确约定，工服属于员工应承担费用的个人物品，且员工离职时未按规定完整归还（包括未穿的新工服），公司有权扣除相应费用，并且扣除金额未超过工服的实际成本价，那么工厂扣除未穿那套工服费用的行为可能具有一定合理性。
2. 若劳动合同和公司规章制度中均未对工服费用的承担及离职归还事宜作出明确约定，或者约定不合法（如将工服费用完全转嫁给员工），那么工厂强行扣除两套工服费用的行为可能涉嫌违法。即使您已将未穿的新工服交回，工厂仍坚持扣除该套费用，更是没有合理依据。
3. 如果工厂扣除的工服费用远高于工服的实际采购成本或市场价值，构成变相克扣工资，那么这种扣除行为也是违法的，您有权拒绝支付超出合理成本部分的费用。
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关于您在企业上班，离职时工厂因工服扣除费用的问题，其合法性可依据相关劳动法律法规进行分析。
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”工厂扣除您工服费用的行为，本质上属于对您工资的扣除。若工厂无法证明扣除行为具有合法依据，则构成无故克扣工资，违反了该条规定。
再依据《工资支付暂行规定》第十五条：“用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。”您的情况中，工服费用扣除不在上述法定可代扣情形之列。除非工厂能证明工服费属于“法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用”，且有劳动合同或合法有效的规章制度作为支撑，否则扣除行为无法律依据，应属违法。